金额小的话，让他把税款补给你，你重新给他开。
存根在核销的时候如果税务问，就说是搞错了，反正你税也交了，一般不会追究。
如果金额大，且客户不愿意承担税款，按正常程序登遗失声明，费用与客户协商。